در سال ۱۳۵۴ با افزایش تعداد دانشجویان و گسترش دانشگاه‌های داخل ایران، «معاونت نظارت بر امور دانشگاه‌ها در سازمان سنجش» با هدف نظارت بر فعالیت های آموزش عالی ایجاد و تا سال ۱۳۶۰ با همین تشکیلات به کار خود ادامه داد.
همزمان با تشکیل شورای نظارت و سنجش آموزش در دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی در اواخر دهه ۱۳۶۰؛ به منظور کمک به اجرای مصوبات آن و گسترش ارتباط مطلوب و سالم بین دانشگاه ها و وزارت متبوع، «دفتر نظارت و سنجش آموزش» در سال ۱۳۶۱ در حوزه معاونت آموزشی وزارت عتف تشکیل شد و از سال ۱۳۶۷ این دفتر تلاش کرد تا واحدهای نظارت و سنجش آموزشی را در دانشگاه ها به وجود آورد.
در سال ۱۳۷۰ این تشکیلات به «دفتر نظارت و ارزیابی آموزش عالی» تغییر نام یافت و شورای نظارت و ارزیابی آموزش عالی نیز به منظور نظارت و سنجش آموزش دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و شناخت میزان تحقق اهداف کمی و کیفی در نظام آموزش عالی کشور ایجاد شد.
با توجه به سیاست تمرکز زدایی فعالیت های نظارت و ارزیابی در سال ۱۳۸۷ وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با آیین نامه شماره ۳۰۸۱/۱۷/۲۳ اقدام به تصویب شیوه نامه و تشکیل هیات های استانی نمود و در هر استان یک دانشگاه دولتی وابسته به وزارت به منظور هدایت و راهبری فرایند نظارت و ارزیابی مؤسسه های آن استان انتخاب شد. بر این اساس دانشگاه اصفهان به عنوان دانشگاه منتخب استان اصفهان، نظارت و ارزیابی بر دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی را از سال ۱۳۸۷ آغاز نمود و در وهله اول با گردآوری اطلاعات جامع مؤسسه های آموزش عالی در سطح استان کتابچه «سیمای آموزش عالی استان» را تدوین نمود و جهت اجرایی نمودن اهداف نظارتی خود؛ شش کارگروه نظارت و ارزیابی شامل: ۱- کارگروه نظارت و ارزیابی دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی دولتی، ۲- کارگروه نظارت و ارزیابی دانشگاه جامع علمی–کاربردی، ۳- کارگروه نظارت و ارزیابی واحدها و مراکز دانشگاه پیام نور، ۴- کارگروه نظارت و ارزیابی مؤسسات آموزش عالی غیردولتی – غیر انتفاعی، ۵- کارگروه نظارت و ارزیابی دانشگاه آزاد اسلامی و ۶- کارگروه نظارت و ارزیابی مؤسسات آموزش عالی آزاد را تشکیل داد.
در خرداد ماه سال ۱۳۹۰ با استناد به ماده ۲۳ برنامه پنجم توسعه اقتصادی کشور و بند ۱۱۰ ماده واحده قانون بودجه سال ۱۳۹۰ مجلس شورای اسلامی؛ دانشگاه فنی و حرفه ای از وزارت آموزش و پرورش منفک شد و این دانشگاه فعالیت خود را به عنوان یک زیر نظام مستقل زیر نظر وزارت علوم، تحقیقات و فناوری آغاز نمود. از این رو هیأت نظارت استان اصفهان در تشکیلات خود؛ کارگروه نظارت و ارزیابی دانشگاه فنی و حرفه ای را نیز ایجاد و نظارت بر فعالیت آموزشکده های وابسته به آن دانشگاه در دستور کار قرار داد.
در سال ۱۳۹۱ دفاتر نظارت و ارزیابی معاونت های مختلف در سطح ستاد وزارت تجمیع و ذیل عنوان «مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی» به صورت مستقل و تحت نظر مقام عالی وزارت به فعالیت خود ادامه داد. همچنین پس از تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر تجمیع کلیه مراکز تربیت معلم سراسر ایران در زیر نظام مستقلی با عنوان «دانشگاه فرهنگیان» و اخذ مجوز از شورای گسترش آموزش عالی، هیأت نظارت استان اصفهان در سال ۱۳۹۴؛ فرایند نظارت و ارزیابی از این زیر نظام را نیز در ذیل «کارگروه «نظارت و ارزیابی دانشگاه های دولتی و دانشگاه های وابسته به دستگاه های اجرایی (دانشگاه فرهنگیان)» آغاز نمود.
در سال ۱۳۹۵ با بازنگری در آیین نامه های نظارت و ارزیابی، تمامی فعالیت های نظارت و ارزیابی با رویکرد «تضمین کیفیت» هدف گذاری و به دنبال آن عنوان «مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی» به «مرکز نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت علوم، تحقیقات و فناوری» و به تبع آن عنوان این هیأت نیز به هیأت نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت علوم، تحقیقات و فناوری اصفهان تغییر یافت.
در سال ۱۳۹۷ کارگروه «هم اندیشی، نظارت و پیشگیری از وقوع جرایم آموزش عالی استانی» در راستای پیشگیری و کاهش جرایم و تخلفات در حوزه آموزشی استان اصفهان تشکیل شد.
همچنین در سال ۱۳۹۹، با همه گیری ویروس کووید ۱۹ و انجام فعالیت های آموزش و یادگیری به صورت الکترونیکی، کارگروه تخصصی «نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت آموزش و یادگیری الکترونیکی» به منظور سیاست گذاری و ارزیابی عملکرد فعالیت های آموزشی و یادگیری الکترونیکی دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی استان اصفهان تشکیل شد.