سال ۱۳۵۴:
در سال ۱۳۵۴ معاونتی تحت عنوان معاونت نظارت بر امور دانشگاه ها در سازمان سنجش آموزش کشور ایجاد شد و وظیفه نظارت بر دانشگاه ها را بر عهده گرفت.
سال ۱۳۶۱:
پس از انقلاب اسلامی و در سال ۱۳۶۱ در معاونت آموزشی وزارت فرهنگ و آموزش عالی اداره کلی با نام دفتر نظارت و سنجش آموزش ایجاد شد که مسئولیت نظارت و ارزیابی دانشگاه ها را در بخش آموزش برعهده داشت.
سال ۱۳۶۶:
با گسترش آموزش عالی در دهه ۱۳۶۰ و برای انسجام بخشی به فعالیتهای نظارت و ارزیابی آموزشی شورای نظارت و ارزیابی نیز در سال ۱۳۶۶ تشکیل شد.
سال ۱۳۷۰:
در سال ۱۳۷۰ نام دفتر نظارت و سنجش آموزش به دفتر نظارت و ارزیابی آموزش عالی تغییر پیدا کرد و همچنان ذیل معاونت آموزشی وزارت به فعالیت خود ادامه داد. وظیفه این دفتر، نظارت و ارزیابی دانشگاهها و مؤسسه های آموزش عالی بود.
سال ۱۳۸۶:
در سال ۱۳۸۶ فعالیتهای دفتر نظارت و ارزیابی آموزش عالی گسترش یافت و تلاشها برای نظارت و ارزیابی بر تمام دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی نتیجه داد و نظام نظارت و ارزیابی جدیدی مبتنی بر استفاده از ظرفیت دانشگاههای دولتی در امر نظارت و ارزیابی در استانهای کشور شکل گرفت. شورای نظارت و ارزیابی آموزش عالی مورد بازنگری قرار گرفت. علاوه بر این شبکه ای جدید از نظارت و ارزیابی در استان ها و با محوریت دانشگاه های منتخب شکل گرفت.
سال ۱۳۸۷:
حاصل این تلاشها ابلاغ آیین نامه نحوه تشکیل و فعالیت هیئت های نظارت و ارزیابی استانی توسط وزیر وقت علوم، تحقیقات و فناوری در اردیبهشت سال ۱۳۸۷ بود و بدین ترتیب نظام نظارت و ارزیابی با شکل جدید به طور رسمی کار خود را آغاز کرد. همچنین آیین نامه تشکل دفاتر نظارت و ارزیابی دانشگاه ها نیز مورد بازنگری قرار گرفته و تلاش شد تا این دفاتر در نظام نظارت و ارزیابی جدید جایگاه مناسبتری داشته باشند و تاکید شد که این دفاتر ذیل رئیس دانشگاه یا مؤسسه فعالیت کنند.
لازم به یادآوری است که همزمان با دفتر نظارت و ارزیابی آموزش عالی در معاونت آموزشی در دیگر معاونتها از جمله معاونت دانشجویی، معاونت پژوهش و فناوری، معاونت اداری مالی و معاونت فرهنگی اجتماعی نیز دفاتر نظارت و ارزیابی تشکیل شده و حوزه های تخصصی خود را مورد نظارت و ارزیابی قرار میدادند.
توسعه دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی و گستردگی فعالیت آنها در ابعاد مختلف باعت توسعه حوزه های فعالیت دفتر نظارت و ارزیابی آموزش و هیئت های نظارت و ارزیابی به عنوان بازوان فکری و اجرایی نظام نظارت و ارزیابی شد. کم کم انسجام بخشی بیشتر و ایجاد یک نظام یکپارچه برای نظارت و ارزیابی دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی با پرداختن به تمام مؤلفه های کارکردی و عملکردی آنها اجتناب ناپذیر می نمود.
همچنان که گفته شد با توجه به توسعه چشمگیر نظام علم و فناوری کشور طی بیش از سه دهه پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی و اهمیت نقش آن در توسعه همه جانبه کشور، استقرار نظام جامع نظارت، ارزیابی، اعتبار سنجی و رتبه بندی دانشگاهها و موسسات آموزش عالی امری ضروری بود. در قانون اهداف، وظایف و تشکیل وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مصوب مجلس شورای اسلامی در سال ۱۳۸۳، سیاستهای کلی نظام علم و فناوری (ابلاغی مقام معظم رهبری در تاریخ ۱۳۹۳/۶/۲۹)، نقشۀ جامع علمی کشور (مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی ۱۳۸۹/۱۰/۱۴) و قوانین برنامه های توسعه پنج ساله کشور (مصوب مجلس شورای اسلامی)، نظارت و ارزیابی نظام علم و فناوری همواره به عنوان یکی از ارکان نظام علم و فناوری مطرح میشد. این تغییر و تحولات مدیران ارشد وزارت را بر آن داشت تا برای کارآمدتر کردن نظام نظارت و ارزیابی در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری چاره ای بیندیشند. گسستگی فعالیتهای مرتبط با نظارت و ارزیابی در حوزه های مختلف، دیگر پاسخگوی نیازهای مدیران وزارت برای سیاستگذاری، تصمیم گیری و برنامه ریزی نبود. این امر ایده شکل گیری مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی مستقل از معاونتها و زیر نظر مستقیم وزیر علوم، تحقیقات و فناوری را پدید آورد.
سال ۱۳۹۱:
در نهایت در سال ۱۳۹۱ دفتر نظارت و ارزیابی آموزش عالی به مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی ارتقا پیدا کرد (ساختار و تشکیلات مصوب وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ابلاغی اسفند ۱۳۹۰) و قرار شد دفاتر نظارت و ارزیابی معاونتهای دیگر به این مرکز ملحق شده و تمام امکانات از جمله منابع انسانی آنها نیز در اختیار مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی قرار گیرد. دفاتر نظارت و ارزیابی معاونت پژوهش و فناوری و معاونت فرهنگی اجتماعی برچیده شد، لیکن صرفاً شرح وظایف آنها به مرکز واگذار شد و نیروهای انسانی آن دفاتر به مرکز منتقل نشدند. خاطر نشان میشود با توجه به تشکیل سازمان امور دانشجویان، دفتر نظارت و ارزیابی معاونت دانشجویی در آن سازمان همچنان به کار خود ادامه داد. اداره کل نظارت بر طرح های عمرانی نیز همچنان در معاونت اداری، مالی و مدیریت منابع به کار خود ادامه داد.
سال ۱۳۹۵:
در سال ۱۳۹۵ مجدداً نظام نظارت، ارزیابی و آیین نامه شورای نظارت و ارزیابی بازنگری شد، عنوان مرکز به مرکز نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت علوم، تحقیقات و فناوری تغییر پیدا کرده و پس از تصویب وزیر وقت علوم، تحقیقات و فناوری در اسفند ۱۳۹۵ ابلاغ شد. ویژگی جدید این نظام افزودن مقوله تضمین کیفیت به ماموریتهای مرکز بود تا گستره نظارت و ارزیابی به تمام ابعاد نظام علم و فناوری در کشور از جمله اعتبارسنجی و تضمین کیفیت را نیز شامل شود. به عبارت دیگر قبل از آن مرکز نظارت و ارزیابی صرفاً در مقوله های ارزیابی درونی و ارزیابی بیرونی ورود میکرد، لیکن قرار شد با تغییر ساختار جدید در مقوله اعتبارسنجی و تضمین کیفیت نیز ورود پیدا کند.
در سال ۱۳۹۷:
در سال ۱۳۹۷ آیین نامه های نحوه تشکیل و فعالیت هیئت های نظارت و ارزیابی استانی و تشکیل و فعالیت مدیریت های نظارت و ارزیابی دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی نیز متناسب با ماموریتهای نظام نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت بازنگری شد.