در سال 1354 با افزایش تعداد دانشجویان و گسترش دانشگاه‌های داخل ایران، «معاونت نظارت بر امور دانشگاه‌ها در سازمان سنجش» با هدف نظارت بر فعالیت های آموزش عالی ایجاد و تا سال 1360 با همین تشکیلات به کار خود ادامه داد.

همزمان با تشکیل شورای نظارت و سنجش آموزش در دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی در اواخر دهه 1360؛ به منظور کمک به اجرای مصوبات آن و گسترش ارتباط مطلوب و سالم بین دانشگاه ها و وزارت متبوع، «دفتر نظارت و سنجش آموزش» در سال 1361 در حوزه معاونت آموزشی وزارت عتف تشکیل شد و از سال 1367 این دفتر تلاش کرد تا واحدهای نظارت و سنجش آموزشی را در دانشگاه ها به وجود آورد.

در سال 1370 این تشکیلات به «دفتر نظارت و ارزیابی آموزش عالی» تغییر نام یافت و شورای نظارت و ارزیابی آموزش عالی نیز به منظور نظارت و سنجش آموزش دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و شناخت میزان تحقق اهداف کمی و کیفی در نظام آموزش عالی کشور ایجاد شد.

با توجه به سیاست تمرکز زدایی فعالیت های نظارت و ارزیابی در سال 1387 وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با آیین نامه شماره 3081/17/23 اقدام به تصویب شیوه نامه و تشکیل هیات های استانی نمود و در هر استان یک دانشگاه دولتی وابسته به وزارت به منظور هدایت و راهبری فرایند نظارت و ارزیابی مؤسسه های آن استان انتخاب شد. بر این اساس دانشگاه اصفهان به عنوان دانشگاه منتخب استان اصفهان، نظارت و ارزیابی بر دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی را از سال 1387 آغاز نمود و در وهله اول با گردآوری اطلاعات جامع مؤسسه های آموزش عالی در سطح استان کتابچه «سیمای آموزش عالی استان» را تدوین نمود و جهت اجرایی نمودن اهداف نظارتی خود؛ شش کارگروه نظارت و ارزیابی شامل: 1- کارگروه نظارت و ارزیابی دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی دولتی، 2- کارگروه نظارت و ارزیابی دانشگاه جامع علمی–کاربردی، 3- کارگروه نظارت و ارزیابی واحدها و مراکز دانشگاه پیام نور، 4- کارگروه نظارت و ارزیابی مؤسسات آموزش عالی غیردولتی – غیر انتفاعی، 5- کارگروه نظارت و ارزیابی دانشگاه آزاد اسلامی و 6- کارگروه نظارت و ارزیابی مؤسسات آموزش عالی آزاد را تشکیل داد.

در خرداد ماه سال 1390 با استناد به ماده 23 برنامه پنجم توسعه اقتصادی کشور و بند 110 ماده واحده قانون بودجه سال 1390 مجلس شورای اسلامی؛ دانشگاه فنی و حرفه ای از وزارت آموزش و پرورش منفک شد و این دانشگاه فعالیت خود را به عنوان یک زیر نظام مستقل زیر نظر وزارت علوم، تحقیقات و فناوری آغاز نمود. از این رو هیأت نظارت استان اصفهان در تشکیلات خود؛ کارگروه نظارت و ارزیابی دانشگاه فنی و حرفه ای را نیز ایجاد و نظارت بر فعالیت آموزشکده های وابسته به آن دانشگاه در دستور کار قرار داد.

در سال 1391 دفاتر نظارت و ارزیابی معاونت های مختلف در سطح ستاد وزارت تجمیع و ذیل عنوان «مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی» به صورت مستقل و تحت نظر مقام عالی وزارت به فعالیت خود ادامه داد. همچنین پس از تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر تجمیع کلیه مراکز تربیت معلم سراسر ایران در زیر نظام مستقلی با عنوان «دانشگاه فرهنگیان» و اخذ مجوز از شورای گسترش آموزش عالی، هیأت نظارت استان اصفهان در سال 1394؛ فرایند نظارت و ارزیابی از این زیر نظام را نیز در ذیل «کارگروه «نظارت و ارزیابی دانشگاه های دولتی و دانشگاه های وابسته به دستگاه های اجرایی (دانشگاه فرهنگیان)» آغاز نمود.

در سال 1395 با بازنگری در آیین نامه های نظارت و ارزیابی، تمامی فعالیت های نظارت و ارزیابی با رویکرد «تضمین کیفیت» هدف گذاری و به دنبال آن عنوان «مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی» به «مرکز نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت علوم، تحقیقات و فناوری» و به تبع آن عنوان این هیأت نیز به هیأت نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت علوم، تحقیقات و فناوری اصفهان تغییر یافت.

در سال 1397 کارگروه «هم اندیشی، نظارت و پیشگیری از وقوع جرایم آموزش عالی استانی» در راستای پیشگیری و کاهش جرایم و تخلفات در حوزه آموزشی استان اصفهان تشکیل شد.

همچنین در سال 1399، با همه گیری ویروس کووید 19 و انجام فعالیت های آموزش و یادگیری به صورت الکترونیکی، کارگروه تخصصی «نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت آموزش و یادگیری الکترونیکی» به منظور سیاست گذاری و ارزیابی عملکرد فعالیت های آموزشی و یادگیری الکترونیکی دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی استان اصفهان تشکیل شد.